Quatre ministères sont impliqués spécialement dans la lutte contre les VBG. Il s’agit du Ministère de l’Intérieur, du Développement Communautaire et de la Sécurité Publique, du Ministère de la Justice et du Ministère de la Solidarité Nationale, des Droits de la Personne Humaine, des Affaires sociales et du Genre et le Ministère de la Santé Publique et de lutte contre le SIDA. Les autres Ministères sont aussi concernés et interviennent à travers les Cellules sectorielles mises en place en leur sein.
Au niveau organisationnel, le secteur de la justice comprend une (1) Cour Suprême, sept (7) Cours d’Appel (Bururi, Makamba, Gitega, Ngozi, Bujumbura Mairie, Ntahangwa et Muha), vingt (20) Tribunaux de Grande Instance (TGI), cent trente-cinq (135) Tribunaux de Résidence, auxquels s’ajoutent : deux (2) Tribunaux du Travail (à Bujumbura et Gitega), un (1) Tribunal du Commerce (à Bujumbura), deux (2) Cours Administratives (à Bujumbura et Gitega).